故事可说是融合了相当高度的宗教联想。西历2000年，巨型陨石坠落南极，引致天灾四起，世界人口因此锐减一半，称为“第二次撞击”（Second Impact ）。事隔十五年，人类正值复兴之时，一种来历不明的巨大战斗生命体——“使徒”（Angels）再度出现，不断向人类重阵第三新东京市进袭。人类迎击使徒的唯一希望，就是特务机关NERV开发的人型决战兵器“福音战士”（EVANGELION），但能够胜任驾驶员的人选，就只有几个年仅十四岁的少年男女，他们用精神控制机器。在不断的战斗中，既有肉体上的伤痛，更有精神上的巨大折磨：个人与他人的关系，父与子、母与女的冲突，成长与逃避……在战斗中，第二次撞击的真相也不断显现——那并不是天灾，而是由人类引起的灾难。消灭最后一个使徒后，NERV的后台机关“人类补完委员会”（SEELE）为完成人类补完计划，消灭了NERV与EVANGELION，并引发第三次撞击。只有碇真嗣与明日香存活下来——只要有生命，地球就会复原…… 　　未来是什么，时空又是什么？远古的回忆，是一种现实还是一种梦幻？人的来源在哪里？归宿又在何方？分离……不安……心的犹豫，不完整的东西……