动画全集《Fate/Apocrypha》讲述了在第三次圣杯战争过后，御三家爱因兹贝伦、远坂、马奇里处于虚弱无力的状态，大圣杯系统因而被纳粹势力所夺取，后来又被其他的魔术师搬运至别处。冬木市的圣杯战争也迎来了终结。

圣杯战争的资讯被公布，此后在世界各地都发生了圣杯战争的“亚种”，召唤英灵变得稀松平常。然而这些亚种的圣杯战争召唤的英灵数量有限，且无法到达根源。

冬木市的圣杯被搬运至罗马尼亚，该地区的一支魔术师向时钟塔宣战，并打算成立新的魔术协会。他们利用圣杯系统召唤了七名从者，而时钟塔利用了大圣杯的“非常时期机制”，另外召唤了另一派别的七名从者。而圣杯本身也召唤了一名特殊职阶的从者－裁定者（Ruler）。而故事的主线，就围绕在这红黑双方从者/御主之间的战斗以及和管理者的冲突而展开。