5 岁的宗介生长在海边小城,他的家就在临海的悬崖上。一天,宗介捡到了一个被海浪冲上岸的废玻璃瓶,里面有条受困的小金鱼。小金鱼名叫波尼,她是人鱼女王的女儿,偷偷驾着水母溜出来玩的时候撞进了瓶子里。宗介把波尼带回了自己家,养在塑料盆里。波尼在宗介家过得很愉快,她很喜欢宗介,宗介也喜欢她。然而,快乐的日子很快就过去了。

波尼的爸爸藤本把女儿带回了海底。藤本原是一个渔夫,后来和人鱼女王相爱成了海底居民。波尼回家后,十分思念宗介,她做出了一个大胆的决定——她要变成人,和宗介在一起。在妹妹们的帮助下,波尼偷出了父亲的法宝,向人类世界游去。不料,蕴含着危险魔力的生命之水失控了,于是,海水暴涨,暴风狂作,妹妹们变成了可怕的巨型鱼,海浪向宗介一家所在的悬崖扑去……

海边小城被淹没了,波尼没想到自己的美好愿望竟然招来了这样的大祸。她能挽救宗介么?